Madrasah sebagai salah satu sub-sistem dari sistem pendidikan nasional menghadapi berbagai masalah baik dari luar (globalisasi) maupun dari dalam (terbatasnya sumber daya manusia dan dirafikasinya UU N0. 22 Th. 1999) mengandung konsekuensinya tersendiri. Untuk menghadapi masalah/tantangan tersebut perlu diadakan berbagai usaha reformasi dan reorientasi (telah sedang dan terus dilaksanakan). Reformasi yang telah sedang dan akan terus dilaksanakan antara lain dari aspek kebijakan misalnya menentukan format ke depan opsi-opsi afisiliasi ke Depdiknas atau Depag yang mengandung pelbagai konsekuensi dan implikasinya (termasuk kesetaraan dengan sekolah umum). Usaha lain berupa peningkatan sumber daya manusia (melalui berbagai terobosan) pembentukan Madrasah model Madrasah terpadu dan sebagainya. Reorientasi pendidikan Islam di Madrasah dilakukan antara lain penataan misi visi dan fungsi Madrasah melalui diversikasi jurusan atau program (yang tadinya dominan ke program keagamaan sekarang program keagamaan umum ketrampilan atau kejuruan) dengan tetap menjadikan ciri khasnya. Dengan diadakannya berbagai usaha tersebut diharapkan bisa sebagai solusi awal (harapan baru) untuk menjawab tantangan kedepan dan lembaga pendidikan ini dapat berperan lebih yang lebih besar lagi dalam kerangka penyiapan sumber daya insani yang mempunyai kemampuan yang kompetitif dan nilai lebih menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi dan memiliki akhlak mulia.