Bila dibanding dengan tingkat kualitas pelayanan skala nasional kualitas pelayanan di Pelabuhan Kupang sudah menunjukkan hasil yang cukup baik. Secara nasional tidak ada aspek pelayanan yang harus diperbaiki di pelabuhan ini. Dari hasil analisis CSI diperoleh nilai CSI untuk Pelabuhan Teneu Kupang sebesar 60% (very poor) dan ini berarti bahwa secara umum kualitas pelayanan yang dirasakan oleh konsumen angkutan laut penumpang jarak dekat di pelabuhan ini sangat rendah.