Sebagai kekuatan politik Islam pusat-pusat Islam menerapkan suatu pemerintahan politik dengan menerapkan pemerintahan yang menempatkan raja sebagai khalifah atau wali/wakil Tuhan dan kekuasaaanya dipisahkan dari kekuasaan keagamaan yang dipegang Wali. Pemerintahan politik ini berlaku pula di Giri Kedaton yang lahir berdasarkan tumbuhnya Giri-Gresik sebagai pusat Islam dengan penguasanya semula sebagai syahbandar yang menguasai politik ekonomi sosial-budaya atas wilayah Giri-Gresik yang kekuasaannya diteruskan keturunannya dan membentuk dinasti Giri. Pemerintahan di Giri Kedaton pada periode tahun 1548-11605 adalah masa pemerintahan Sunan Prapen Giri Kedaton mengalami puncak kejayaannya sebagai kekuatan politik yang otonom yang memegang kekuasaan keagamaan dan penguasanya berperan sebagai penengah pertikaian antar penguasa politik dan sebagai legalisator penguasa politik mulai Demak ke Pajang dan Mataram.