Proses pengangkatan kepala sekolah MIS merupakan kewenangan penuh yayasan sehingga prosedur dan prasaratnya tergantung kemauan yayasan. Tidak adanya peraturan dan persyaratan tertulis tentang pengangkatan kepala MIS menyebabkan proses pengangkatan kepala MIS sangat tergantung kepada pertimbangan subjektif dan konvensi pengurus yayasan.