Penggunaan istilah fundamentalisme islam sebagimana dijelaskan diata menimbulkan perdebatan di kalangan akademis dan ilmuwan. Banyak diantara mereka yang menerimanya dan tidak sedikit yang menolaknya. Dalam perjalanan penggunaan istilah-istilah alternatif itu khususnya islamisme islam militan dan islam radikal ternyata pada akhirnya semuanya mengalami nasib yang sama seperti istilah fundamentalisme islam yaitu me4ndapat makna negatif dan pejoratif.