Dalam proses pembuatan ikan asin beberapa komponen penyusun protein dalam bahan pangan mengalami perubahan selama pengolahan yang mengekibatkan penurunan kandungan protein. Perbedaan kandungan protein pada pembuatan ikan asin diakibatkan oleh oksigen dan sejumlah kecil ion logam seperti tembaga mangan dan besi yang merupakan katalis dalam mempercepat terbentuknya radikal bebas (ROO). Ion-ion tersebut tersedia dalam garam yang digunakan dalam pengasinan. Semakin besar kandungan garam pada ikan maka hal tersebut dapat menyebabkan semakin rendah kandungan protein dari ikan tersebut.