Sektar 60% produksi kedelai nasional dihasilkan dari lahan sawah. Namun budidaya kedelai di lahan sawah menghadapi berbagai masalah antara lain cekaman genangan. Genangan menyebabkan penuaan dini sehingga daun klorosis nekrosis dan gugur serta pertumbuhan tanaman terhambat yang pada akhirnya menurunkan hasil. Umumnya kehilangan hasil pada fase vegetatif lebih kecil dibandingkan pada fase reproduksi yaitu 17-43% pada fase vagetatif dan 50-56% pada fase reproduktif. Besarnya penurunan hasil tergantung pada varietas kedelai yang ditanam fase pertumbuhan tanaman lamanya tergenang tekstur tanah dan kehadiran penyakit. Tersedianya varietas kedelai toleran genangan akan memberikan arti penting bagi upaya mempercepat peningkatan produksi kedelai dalam negeri. Pengembangan kedelai toleran genangan tidak hanya bermanfaat dalam tidak hanya bermanfaat dalam pengembangan kedelai dilahan sawah tetapi juga wilayah yang sering mengalami cekaman genangan seperti lahan pasang surut. Luas lahan pasang surut di Indonesia mencapai 20 10 juta ha sekitar 20-30% di antaranya berpotensi sebagai lahan pertanian. program perakitan varietas kedelai toleran genangan berpeluang di lakukan jika tersedia sumber gen dan metode skrining yang sederhana mudah dan cepat. Karakter morfologi dan fisiologi yang dapat secara cepat mendeteksi indikator toleransi kedelai terhadap genangan adalah perkecambahan tinggi tanaman perubahan warna daun menjadi kuning kehadiran akar adventif bobot kering akar pemutupan stomata dan kadar N total. Kerjasama dengan lembaga internasional terutama dalam pertukaran sumber gen akan mempertcepat program pemuliaan kedelai toleran genangan