Riset tentang eksplorasi diversitas Cyanobacteria dari beberapa situ/danau dikawasan Jakarta-Depok-Bogor telah dilakukan. Lima lokasi riset adalah danau ssssunter 2 jakarta utara situ babakan jakarta selatan situ Ulin-Salam dan Agatis di kampus UI Depok dan danau Lido Bogor. Pengambilan sampel dilakukan secara purposive sampling dan analisis sampel dengan metode subsampel. Sampling dilakukan pada bulan agustus s.d september 2006. Tiga(3) macam sampel yang diambil adalah sampel planktonik sampel epifitik dan sampel tanah pinggir perairan. Hasil riset menunjukkan bahwa beberapa CYAnabacteria potensial toksik ditemukan dibeberapa perairan bahkan cyanobacteria tersebut dominan pada danau sunter 2 dan situ agathis(kampus UI). Berdasarkan tingkat kesamaan cyanobacteria kelima perairan dapat dikelompokan menjadi tiga kelompok yaitu danau senter 2 dan situ agathis situ babakan dan situUlin-Salam dan danau lido. Perairan danau lido sangat unik dalam hal sebaran dan diversitas cyanobacteria. Bedasarkan indeks diversitas(H ) cyanobacteria kondisi perairan yang diteliti rata-rata dikatagorikan sebagai perairan sedang yaitu situ babakan situ Ulin-Salam dan situ aghatis. spesies-spesies Cyanobacteria epifitik dan tanah pinggiran perairan yang ditemukan juga merupakan spesies-spesies yang ditemukan sebagai cyanobacteria planktonik kecuali Oscillatoria sp. 3. Sekurang-kurangnya 26 isolat Cyanobacteria telah diperoleh seperti genus microcytis oscillatoria gloeocapsa merismopedia planktothrix dan arthrospira.