Lahirnya Reepublik Maluku Selatan karena ingin memprtahankan sistem pemerintah RIS sebagaimana yang dikehendaki oleh Pemerintah Belanda yang merupakan salah satu syarat penyerahan kedaulatan atas Indonesia.RMS merupakan bagian negara federal yang baeribu kota di Makasar yaitu negara Indonesia Timur. Setelah Indonesia menjadi negara kesatua tahun 1950 RMS ingin mendirikan negara sendiri lepas dari Republik Indonesia dibawa pimpinan Soumokoli yang kemudian mengadakan perang gerlya di Seram.Pemerintah Belanda menampung sebagian warga maluku bermungkin di Negara Belanda. Namun sering melakukan kerusuhan disana. Karena mereka menginginkan untuk mendirikan negara sendiri terlepas dari Negara Kesatuan Republik Indonesia. Pada tahun 1999 terjadi konfik antara pemeluk agama Nasarni dengan pemeluk agama Islam. Namun konflik ini bukan konflik agama tetapi konflik kepentingan ekonomi disebabkan kelompok yang pada zaman Belanda merasa fasilitas yang mereka miliki akan berkurang. Intinya konflik antar kelompok sosial yang mempertahankan kekuasaan dalam rangka otonomi daerah. Selain itu dan ternyata sekarang damai di maluku.