Penyakit karat yang disebabkan oleh cendawan Phakopsora pachyrhizi merupakan penyakit penting pada kedelai. Di Indonesia penyakit ini telah disebar di sentra produksi kedelai di Sumatera Jawa Bali Nusa Tenggara Barat Kalimantan dan Sulawesi. Pada awalnya penyakit karat hanya terdapat di Asia Tenggara disebut sebagai penyakit karat Asia (Asia rust disease). Namun akhir-akhir ini penyakit karat telah tersebar luas di seluruh sentra kedelai di dunia. Penyakit karat dapat menyebabkan kehilangan hasil 10-90% bergantung pada varietas dan kondisi agroklimat setempat. Perkembangan penyakit karat membutuhkan kelembapan tinggi ( gt 95%) dan suhu optimal untuk proses infeksi yang berkisar antara 15-28oC. Kisaran suhu tersebut umumnya terjadi pada musim kemarau sehingga penyakit karat banyak menyerang pertanaman kedelai pada musim kemarau. Penyakit menyebar dengan bantuan angin. Keberadaan tanaman inang selain kedelai berperan penting dalam penyebaran penyakit dari satu musim tanam ke musim tanam berikutnya pada saat tanaman kedelai tidak terdapat di lapangan. Beberapa jenis gulma dari famili Leguminosae dapat menjadi tanaman inang penyakit karat. Di Amerika Serikat tanaman kudzu (sejenis gulma) merupakan tanaman inang cendawan tersebut pada musim dingin sehingga siklus penyakit akan berlangsung sepanjang tahun. Pengendalian penyakit karat yang ramah lingkungan meliputi penanaman varietas tahan serta penggunaan fungisida nabati minyak cengkih bakteri antagonis Bacillus sp. dan cendawan antagonis Verticillum sp.