Penelitian ini bertujuan untuk merancang dan mengimplementasikan simulasi binary tree berbasis CAI pada pembelajaran Matematika diskrit. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode penelitian dan pengembangan dengan desain pengembangan model Dick amp Carey yang dilengkapi dengan metode khusus pengembangan perangkat lunak software development life cycle (SDLC) dengan waterfall-based model. Agar dapat divalidasi secara akademik dan ilmiah produk perangkat lunak yang dihasilkan diuji melalui tiga tahap pengujian yaitu pengujian produk secara teknik sebagai sebuah perangkat lunak pengujian produk sebagai sebuah media pembelajaran dan uji lapangan terhadap kelompok kecil dosen dan mahasiswa jurusan Pendidikan TI Undiksha Singaraja. hasil penelitian menunjukkan bahwa simulasi binary tree berbasis CAI baik digunakan sebagai alat bantu interaksi yang efektif dalam pembelajaran matematikam diskrit respon mahasiswa adalah sangat positif.