Melalui pemberlakuan Otonomi Khusus masyarakat dan Pemerintah Provinsi Daerah Papua dan Provinsi Papua Barat memiliki kewenangan yang sangat luas. Pemerintah Kabupaten/Kota dapat mengatur segala sesuatunya bagi peningkatan kemakmuran masyarakat berdasarkan peraturan daerah yang tidak bertentangan dengan Undang-Undang Otonomi Khusus. Melalui kebijakan Otonomi Khusus penyelenggaraan kerjasama di bidang ekonomi perdagangan investasi kebudayaan dan ilmu pengetahuan terbuka lebar dengan pihak lain baik di dalam maupun luar negeri.