Dipterocarpus liitoralis (Pelahlar) merupakan salah satu jenis kayu komersial endemik di pulau Nusakambangan. Keberadaan jenis ini sedang terancam kepunahan akibat alih lahan dan penebangan liar. penelitian ini bertujuan untuk memperkirakan keragaman genetika populasi pelahlar menggunakan tiga buah primer Random Amplified polymorfic DNA (RAPD) yang telah di modifikasi dengan penambahan dua nukleotida salah satu ujungnya yang terletak pada arah 5 . Amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan ketga primer tersebut dan menghasilkan 45 pita RAPD. Beberapa pita RAPD (OPA 9E ukuran 200 dan 850 bp) hanya dijumpai di populasi 2 dengan demikian pita ini merupakan penanda diagnostik untuk populasi ini. keragaman genetik dalam populasi (0.1540) lebih tinggi daripada antar populasi (0.0418). Sedangkan nilai diferensiasi genetik (Gst) menunjukkan bahwa 21.35% keragaman genetik total pada D. littoralis disebabkan oleh diferensiasi antar populasi. Keragaman genetik tertinggi dijumpai pada genetik total pada seluruh populasi (Ht) sebesar 0.1958 dengan keragaman genetic rata-rata dalam populasi (Hs) sebesar 0.1540.