Ikan bonti-bonti (paratherina striata) adalah salah satu jenis ikan endemik dan rawan punah yang terdapat di Danau Towuti dan Mahalona. Dikhawatirkan terjadi penurunan populasi ika tersebut di alamkarena eksploitasi yang meningkat juga karena penurunan kualitas habitat. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji piramida umur dan pengelompokan populasi ikan tersebut sebagai dasar untuk menggambarkan kondisi dan keragaman populasi ikan. Penelitian dilakukan di perairan Danau Towuti di lima stasiun. Sampel ikan diperoleh menggunakan jaring insang eksperimen dengan ukuran mata jaring yaitu ] 3/4 1 dan 1 1/4 inci. pengukuran karakter morfometrik ikan melibuti 22 karakter. Hasil penelitian berdasarkan tipe piramida umur populasi ikan bonti-bonti di masing-masing stasiun mencirikan piramida umur yang berbeda. Di stasiun inlet Danau Towuti dan Pulau Loeha memperlihatkan tipe piramida umur dimana populasi ikannya didominasi oleh ikan-ikan muda yang mencirikan pertumbuhan populasi relatif lebih cepat. Di stasiun Tanjung Bakara outlet Danau Towuti dan Beau tipe piramida umur cenderung moderat. Hal ini menunjukkan populasi ikan ukuran sedang populasi ikan dalam kondisi stabil. Diperoleh 12 karakter yang memiliki nilai korelasi yang kuat. Hasil uji Ancova menunjukkan tidak ada perbedaan karakter morfometrik ikan bonti-bonti antar stasiun baik pada ikan jantan maupun betina. Berdasarkan uji Ancova tersebut diasumsikan bahwa ikan bonti-bonti di kelima stasiun merupakan satu kelompok populasi.