Indonesia di ASEAN merupakan salah satu dari tiga negara dengan morbiditas malaria tertinggi. Pada tahun 2007 di indonesia 396 (80%) dari total 495 kabupaten/kota merupakan daerah endemis malaria. Dalam rangka pengendalian penyakit malaria pemerintah mengeluarkan surat keputusan Mentrui Kesehatan Nomor 293 tahun 2009 tentang Eliminasi malaria. Tujuan penelitian adalah mengkaji implementasi SK Menkes No. 239 tahun 2009 tentang kebijakan eliminasi malaria d Provinsi Bali dengan tujuan khusus mengkaji pemahaman penerapan inovasi pendanaan dan peran Pemda dalam mendukung kebijakan eliminasi malaria di Provinsi Bali. jenis penelitian adalah observasional dengan desain cross sectional dilaksanakn di Bali dan kabupaten Karangasem. pengumpulan data dilaksanakan bulan september 2011 dengan cara diskusi kelompok terarah baik di level provinsi dan kabupaten dengan Dinas kesehatan Pemerintah Daerah ( Bappedda) dan lintas sektor terkait serta studi dokumen. Analisis data dengan cara content analisys. Untuk meningkatkan validitas data setelah analisis selesai dilakukan triangulasi dengan Dinas Kesehatan provinsi dan kabupaten. Pemahaman terhadap kebijakan eliminasi malaria di provinsi Bali berdasarkan SK Menkes No. 293 tahun 2009 pada tingkat Dinas Kesehatan sudah baik namun pada tingkat lintas sektor belum mengetahui tentang kebijakan tersebut. Untuk mgimplementasikan kebijakan tersebut telah didukung peraturan Gubernur No. 10 tahun 2010 tantang tata cara pelaksanaan eliminasi malaria di provinsi Bali dan Peraturan Bupati Karangasem No. 2 tahun 2010 tentang eliminasi malaria di Kabupaten Karangasem. Penerapan kebijakan eliminasi malaria oleh Dinas Kesehatan Provinsi Bali dan Kabupaten Karangasem sudah sesua dengan strategi pusat. Kegiatan lintas sektor secara langsung maupun tidak langsung telah bersinergi dengan kebijakan eliminasi malaria. Kegiatan inovasi dalam rangka mendukung eliminasi malaria sudah dikembangkan di daerah. Pendanaan terhadap kebijakan eliminasi malaria di Provinsi Bali ndan Kabupaten karangasem masih mengandalkan dana dari APBD. Peran pemerintah daerah untuk mendukung kebijakan dalam bentuk dukungan kebijakan/peraturan penganggaran dan kegiatan sosialisasi. Pendanaan untuk progam malaria di profinsi Bali perlu ditingkatkan baik jumlah maupun sumbernya dan perlu dibentuk pokja malaria baik ditingkat profinsi dan kabupatenagar kegiatan lintas sektor dapat terkoordinasi dan terintegrasi dengan kegiatan dinas kesehatan dalam rangka mencapai eliminasi malaria tahun 2012.