Sejak diberlakukannya otonomi daerah tahun 2001 berbagai inovasi telah dilakukan oleh pemerintah kabupaten/kota khususnya menyangkut pemberian decision space yang lebih luas kepada manajemen puskesmas dalam memenuhi tuntutan otonomi pada puskiesmas (decision space) terhadap motivasi karyawan. Motivasi karyawan adalah terkait dengan konsep motivating potential score yang terdiri dari skill varienty task identity task significance autonomy dan job feedback. Sleman untuk puskesmas Depok II (tipe ISO) dan Jawa Timur dikabupaten Pasuruan yaitu puskesmas Bangil ( tipe Swakelola) dan kota Blitar di pukesmas Karangsari ( tipe gratis) pada bulan Mei-Desember 2009. Jumlah sampel karyawan puskesmas diambil secara proportional random to Size di puskesmas yang diteliti. Analisis untuk menilai hubungan status otonomi puskesmas dengan motovasi karyawan dilakukan uji ANOVA dan didukung dengan analisis data kualitatif dari hasil wawancara mendalam dengan kepala puskesmas. Hasil penelitian menunjukan bahwa sebagian besar motivasi karyawan puskesmas disetiap tipe status otonomi adalah kategori cukup yaitu puskesmas ISO ( 62 5%) swakelola ( 72%) dan gratis (75 7%) sedangkan hasil uji Anova menunjukkan bahwa F adalah 1 450 dan P value 0 240 ( P gt 0 05) sehingga dapat dikatakan bahwa tidak ada perbedaan motivasi karyawan dipuskesmas ISO swakelola dan gratis. Penelitian ini merekomendasi kepada puskesmas harus mampu mendorong terbentuknya motivasi intrinsik yaitu menciptakan kepemimpinan ( leadership) yang memberi inspirasi kepada karyawan dan lingkungan kerja yang mendukung memberi kuasa pada karyawan dan mendelegasikan pekerjaan yang berarti dan meningkatkan kopetensi karyawan.