Lahirnya republik Maluku Selatan karena ingin mempertahankan sistem pemerintahan RIS sebagaimana yang dikehendaki oleh pemerintah Belanda yang merupakan salah satu syarat penyerahan kedaulatan atas indonesia. RMS merupakan bagian negara federal yang beribu kota di Makasar yaitu negara Indonesia Timur. Setelah Indonesia menjadi negara kesatuan tahun 1950 RMS ingin mendirikan negara sendiri lepas dar Republik Indonesia dibawah pimpinan Soumokil yang kemudian mengadakan perang gerilya di Seram. Pemerintah Belanda menampung sebagiab warga Maluku bermukin di negeri Belanda. Namun sering melakukan kerusuhan disana. Karena mereka menginginkan untuk mendirikan negara sendiri terlepas dari Negera Kesatuan Republik Indonesia. Pada tahun 1999 terjadi konflik antara cpemeluk agama Nasrani dengan pemeluk agama Islam. Namun konflik ini bukan konflik agama tetapi konflik kepentingan ekonomi disebabkan yang pada zaman Belanda merasa fasilitas yang mereka miliki akan berkurang. Intinya konflik antara kelompok sosial yang mempertahankan kekuasaan dalam rangka otonomi daerah. Selain itu untuk meredam konflik tersebut Laskar Jihad ditarik dari Maluku dan ternyata sekarang damai di Maluku.