Pemilihan mediasi sebagai salah satu solusi penyelesaian konflik dan sengketa pertanahan selalu ditawarkan untuk ditempuh oleh para pihak yang bersengketa. Jalur mediasi dapat mengurangi resiko hilangnya waktu biaya dan sebagainya apabila ditempuh melalui jalur peradilan. Pelaksanaannya dilakukan berdasarkan Peraturan KBPN No. 3 tahun 2011 Tentang Pengelolaan Pengkajian Dan Penanganan Kasus Pertanahan namun demikian peraturan ini belum mengatur secara khusus mengenai tahapan kegiatan mediasi apa saja yang harus dilakukan dan dilarang dilakukan dalam pelaksanaan mediasi. Dalam mediasi di BPN aparat BPN yang biasanya menjadi mediator adalah pegawai di seksi konflik dan sengketa hal ini sejalan dengan tugas dan fungsinya untuk itu para mediator perlu dibekali dengan sertipikat mediator sehingga lebih memahami tugas wewenang hak dan kewajibannya. Peran mediator sangat penting dalam kegiatan mediasi dan mempunyai andil atas berhasil tidaknya kegiatan mediasi oleh karenanya mediator seharusnya diberikan wewenang yang lebih besar sehingga penyelesaian sengketa dan konflik dapat dilaksanakan secara optimal prosesnya mudah waktunya tidak berlarut-larut dan memberikan jaminan kepastian hukum kepada para pihak. Hasil mediasi dibuatkan berita acara mediasi jika para pihak setuju untuk menyelesaikan sengketa dan konflik diantara mereka maka dibuatkan berita acara kesepakatan dan ditandatangani oleh para pihak saksi-saksi dan diketahui oleh pejabat BPN. Selanjutnya didaftarkan di pengadilan atau ada beberapa kantor Pertanahan yang membuatnya di hadapan notaris sehingga lebih memberikan jaminan kepastian hukum dan kemungkinan para pihak akan lebih mentaati kesepakatan tersebut. Namun walau tanpa akta notaris dari sisi keperdataan Banta Acara Kesepakatan merupakan suatu perjanjian . Karena merupakan perjanjian maka berlaku sebagai undang-undang bagi pihak yang bersepakat.