AbstrakPerairan lepas pantai Balikpapan memiliki kerentanan tinggi terhadap perubahan kualitas air yang diakibatkan sedimentasi di sekitar kawasan tersebut. Oleh sebab itu penelitian mengenai kondisi lingkungan perairan di daerah ini penting dilakukan. Salah satu bioindikator yang dapat digunakan untuk menentukan kualitas perairan adalah ostracoda yang merupakan mikroorganisme dari jenis Crustacea. Penelitian ini dilakukan di selatan Teluk Balikpapan menggunakan data kemelimpahan ostracoda dalam sedimen Resen pada 25 sampel permukaan dasar laut. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui kondisi lingkungan perairan di area penelitian berdasarkan distribusi ostracoda. Hasil penelitian menunjukkan kemelimpahan ostracoda semakin rendah ke arah perairan laut terbuka dan dari tingkat keanekaragamannya diketahui kondisi perairan tergolong stabil. Hasil analisis cluster membagi area penelitian menjadi dua biotop yakni Biotop1 merupakan lingkungan laut dangkal dengan spesies penciri Cytherella semitalis Cytherelloidea sp. Phlyctenophora orientalis dan Neomonoceratina indonesiana Biotop2 berasosiasi dengan lingkungan terumbu karang ditandai dari kehadiran spesies Bairdopillata paraalcyonicola Paranesidea sp. dan Loxoconcha sp.