Abstract Fusarium oxysporum f. sp. cepae merupakan patogen layu fusarium atau moler pada bawang merah. Pengendalian menggunakan agen hayati seperti Bacillus sp. merupakan suatu alternatif pengendalian yang dapat diterapkan. Bacillus sp. memiliki mekanisme pengendalian seperti antibiosis kompetisi dan penginduksi ketahanan tanaman sistemik. Metabolit sekunder yang dihasilkan Bacillus sp. menunjukan aktivitas anti bakteri dan anti jamur. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan Bacillus sp. isolat rizosfer bawang merah untuk mengendalikan Fusarium oxysporum f.sp. cepae secara in vitro. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) lima perlakuan dan empat ulangan dengan metode biakan ganda. Perlakuanya yaitu K0 (kontrol) BM1 BM2 BM3 dan BM4. Potongan miselium F. oxysporum f.sp. cepae diletakan pada medium PDA satu hari kemudian dengan jarak 3 cm digoreskan bakteri Bacillus sp. Variabel yang diamati yakni persentase daya hambat dan mekanisme penghambatan terhadap jamur F.oxysporum f.sp. cepae pada uji daya hambat secara mikroskopis. Hasil penelitian menunjukan keempat isolat Bacillus sp. rizosfer bawang merah menunjukan adanya zona hambat yang terbentuk. Persentase daya hambat yang ditunjukkan bervariasi dengan perlakuan Bacillus sp isolat 3 (BM3) tertinggi sebesar 11 41% dan perlakuan Bacillus sp. isolat 2 (BM2) menunjukan persentase daya hambat terendah yakni 9 39%. Pengamatan secara mikroskopis menunjukan pertumbuhan hifa F. oxysporum tidak normal yaitu terjadi pembengkakan lisis dan mengerut. Abnormalitas yang ditunjukan akibat adanya mekanisme antibiosis yang merupakan salah satu mekanisme pengendalian dari Bacillus sp.